서보혁은 1966년 경북 안동에서 태어나 그곳에서 고등학교까지 마쳤다. 그는 학교보다는 동네 앞뒤의 강과 산을 더 좋아했다. 초등학교 5학년부터 고등학교를 졸업할 때까지 자전거를 타고 다닌 것이 기억에 남는데 그 추억으로 최근 자전거를 다시 샀다.
고등학교 때까지는 내성적이었는데, 성균관대학교 신문방송학과에 입학한 후 전공 공부보다는 학교와 교회에서 세미나와 운동을 하면서 활동적인 성격으로 바뀌게 되었다. 그 계기는 역시 광주민주항쟁이었다. 광주민주항쟁을 통해 한반도에서 미국의 영향력을 깨닫게 되었고 그동안 배운 지식에 대해 의문을 갖게 되었다. 그러면서 자연스럽게 북한 문제와 통일 문제에 관심을 갖게 되었다. 학부 시절에는 주로 교회에서 운동하였고, 1993〜1996년까지 한국기독교교회협의회(KNCC) 통일위원회 위원으로 활동하기도 했다. 그 과정에서 짧지만 구치소 구경도 해보았다.
학부를 늦게 마치는 대신 민주화 운동과 통일 운동에 참여하면서 역사를 보는 눈을 갖게 되었고 이것은 이후 북한 문제와 통일 문제를 공부하게 되는 계기가 되었다. 북한에 대한 연구는 한국정치연구회에서 동료, 선후배들과 북한 원서를 탐독한 것이 큰 도움이 되고 있다. 한국외국어대학교 대학원에서 북한 정치를 공부하여 2003년 <탈냉전기 북미관계에 관한 구성주의적 접근>으로 정치학 박사학위를 받았다. 또한 <오마이뉴스>와 <통일뉴스>에 북한 및 동북아 국제관계에 관한 기사를 썼고 평화운동단체인 평화네트워크에서도 활동하였다.
그동안 북한 핵 문제 등을 북미관계에 중점을 두고 연구해왔으며 <제네바합의 붕괴 원인에 관한 다차원적 분석>, <정체성 정치와 국제안보의 재구성>, <When Human Rights Meet Peace on the Korean Peninsula> 등의 논문을 발표하였다. 저서로는 《탈냉전기 북미관계사》, 《전환기 한미관계의 새판짜기》(공저), 《한반도의 선택》(공저) 등이 있고, 이 밖에 《한반도의 선택》, 《전쟁과 평화》 등의 집필에도 참여했다. 한국외국어대학교에서 강의하였고 현재 국가인권위원회 전문위원으로 북한의 인권 문제에 대한 연구와 정책 개발을 하고 있다.